会社の取締役や支配人等の場合は、会社法による特別背任罪の対象となり、10年以下の懲役若しくは1000万円以下の罰金となります（会社法960条）。 刑法上の背任罪と異なるのは、犯罪の主体が会社の取締役、支配人等に限定されている点です。会社は株主、取引先、債権者等利害関係者が多いので、会社の取締役等が背任行為を行うと、これらの者に与える影響が大きいことから重い刑が科されていると考えられます。
特別背任罪は以下のようなケースが考えられます。
さらに、事案によっては、融資の借り手もまた共同正犯として背任罪が成立する場合があります。単なる取引上の関係という一線を越え共同正犯関係があると認められる場合に成立することとなります。具体的には、①任務違背、財産上の損害について高度の認識を有していたこと、②融資担当者の自己保身等の図利目的を認識して、融資担当者が本件融資に応じざるを得ない状況にあることを利用したこと、③迂回融資の手順を採ることに協力するなどして融資の実現に加担したことが認められるような場合に成立することとなります（最決平成15年2月18日刑集57巻2号161頁）。
特別背任罪は、会社の中で権限と責任を与えられている者が対象となります。監視義務が課せられており、取締役会で追求することが可能な立場にある取締役同士が互いにチェックできる牽制体制が構築されている必要があるといえます。したがって、企業犯罪を未然に防ぐために考案された内部統制システムの構築が必要と考えられます。
特別背任罪は、企業における通常の経済活動から派生または発展して生じる場合が多いといえます。また、特別背任罪の特徴として、日常の適法な活動と併存してなされるか、または適法な活動を仮装してなされることがあります。
特別背任罪は、外形から客観的に必ずしも明らかではないために、警察に相談しても会社の内部の問題であるとして、被害届や告訴が受理されることは難しいのが現状です。
また、なかなか事の真相が判明しづらい傾向があるといえます。
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